处理以租代征的方式是：可以向人民起诉确认该合同违背法律法规的强制性规定，土地租赁合同应当无效，同时要求政府部门返还土地。如若政府部门强行占地拒绝归还，当事人可依法向人民法院提起行政诉讼，请求返还土地。法律依据：《土地管理法》第二条
国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。
第四十四条
建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
第四十八条
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
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